Nusakambangan mengambil namanya dari kata "Nusa" yang berarti pulau dan "Kambangan" yang artinya bunga. Arti lengkapnya adalah Pulau Bunga, karena pulau ini dikenal dengan berbagai jenis tumbuhan bunga, termasuk Bunga Wijaya Kusuma yang terkenal seperti Epiphyllum oxypetalum.
Pulau ini juga dikenal sebagai tempat di mana banyak tumbuhan khas budaya Jawa ditanam, terutama jenis bunga-bungaan, yang menjadi dasar penamaannya.
Meskipun terkenal sebagai pulau yang berbahaya, Nusakambangan memiliki keindahan alam yang menakjubkan dengan keanekaragaman hayati yang masih terjaga. Pulau ini termasuk dalam cagar alam Indonesia, menjadikannya habitat bagi berbagai satwa liar.
Sejarah pembangunan Lapas di pulau ini dimulai pada tahun 1861, ketika benteng pertahanan pertama, Benteng Karangbolong, dibangun di sebelah tenggara Nusakambangan dengan menggunakan tenaga napi yang disebut "perantaian". Pada tahun yang sama, Pemerintah Belanda memindahkan sebagian besar penduduk asli untuk memanfaatkan pulau sebagai basis pertahanan.
Pada tahun 1908, Belanda mengumumkan Nusakambangan sebagai pulau terlarang dan mendirikan penjara di sana. Lapas pertama yang dibangun adalah Lapas Permisan di selatan pulau, diikuti oleh Lapas Karanganyar dan Nirbaya pada tahun 1912. Berbagai Lapas lainnya seperti Lapas Batu (1925), Lapas Karangtengah dan Gliger (1928), serta Lapas Besi (1929) juga dibangun. Lapas Limus Buntu ditambahkan pada tahun 1935, dan yang terakhir adalah Lapas Kembang Kuning pada tahun 1950.
Hingga saat ini, terdapat 11 Lapas yang beroperasi di Nusakambangan, termasuk Lapas Terbuka, Lapas Nirbaya, Lapas Narkotika, Lapas Besi, Lapas Gladakan, Lapas Ngaseman, Lapas Kembangkuning, Lapas Batu, Lapas Pasir Putih, Lapas Permisan, dan Lapas Karanganyar.